Вот, нашел у Лебедева о кофе:
Мужской род бедному напитку достался от устаревших форм «кофий» или «кофей». К примеру, до войны слово «метро» тоже было мужского рода (потому что метрополитен — он), в газетах писали: «наш метро».
В ботанике растение кофе — оно. Мужской род не делает напиток из зерен кофейного дерева более благородным, чем, скажем, напиток из бобов какао.
http://www.artlebedev.ru/kovodstvo/sections/138/
